Hoàng Duy Hùng sinh năm 1962 tại Phan Rang, Ninh Thuận, Việt Nam Cộng hòa. Ông sinh ra trong một gia đình có tổng cộng 10 người con. Gia đình ông vốn là người Nghệ An nhưng đã di cư vào Nam năm 1954.[2] Cha của ông là một sĩ quan trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa. Vào năm 1975, khi Sài Gòn thất thủ, ông theo gia đình sang tỵ nạn ở Mỹ khi mới 13 tuổi.[3]

Ban đầu khi mới sang Mỹ, dưới sự giúp đỡ của một nhà thờ Công giáo, gia đình ông đã đến định cư tại thành phố Reading, tiểu bang Pennsylvania. Sau này, ông chuyển tới sinh sống tại Carthage ở Missouri, còn cha của ông đến Houston ở Texas để lập nghiệp. Sang đến năm 1983, ông cũng đã chuyển đến Houston để theo học chuyên ngành Triết học tại trường Đại học Houston.[2] Sau khi vào đại học, ông tiếp xúc với nhiều tổ chức, đảng phái của người Việt ở hải ngoại và bắt đầu hoạt động đấu tranh chống cộng.[4] Ông đã tốt nghiệp đại học vào năm 1989. Vào năm 1996, ông đã nhận bằng Tiến sĩ Luật tại Thurgood Marshall School of Law thuộc Đại học Nam Texas và bắt đầu hoạt động trong ngành luật một năm sau đó.[2]